由于液相色譜儀系統(tǒng)常用的流動相多是易燃、易爆的有毒化學溶劑，因此液相色譜儀所處的環(huán)境必須是通風的并且液相色譜儀所在房內(nèi)無任何能引發(fā)火災的火花產(chǎn)生源（如明火、吸煙或其它可產(chǎn)生火花、明火的設備），否則容易引起中毒或火災等安全事故。

　　由于液相色譜儀是配合液相柱使用，形成高壓流體輸送液相色譜儀系統(tǒng)，溶劑的壓縮性與泵頭壓力易受到外界溫度的影響，為確保流量度的高可靠性，請安裝空調(diào)予以恒溫。由于液相色譜儀溶劑的危險性，房內(nèi)應配置消防設備以及處理溶劑所能引發(fā)對人體傷害時的應急措施（自來水、清潔液、急救等）。

　　液相色譜儀使用的溶劑必須是HPLC或相當于該級別純度的試劑，使用前必須用0.45μm或更細的濾膜加以過濾，使用水配制流動相時，應使用超純水或蒸餾水。

　　注意：溶劑流動相必須除去顆粒物，以免劃傷柱塞桿密封圈，堵塞分析柱或單向閥組件。注意到這些，將能確使液相色譜儀正常操作并能延長液相色譜儀的使用壽命。

　　含有鹵離子的流動相，將會腐蝕不銹鋼的管路及零部件，因此應盡量避免使用此類溶劑（RX）。若必須使用，應控制鹵離子的濃度，并在分析結束后及時用水清洗整個HPLC系統(tǒng)。